一般我们用分子生物学方法做一个plasmid或者virus vector，不会特意去除那些酶切位点啥的，因为没有必要；同时也会做codon优化，因为对实验比较好。

但是，从技术上说，如果我们想做从一个现有病毒出发，做一个advanced的改进病毒，我们可以把所有为了分子生物学实验方便的序列全部去掉，也不做codon优化，最终得出一个看上去比较自然的病毒。这么做不难，就是费点事而已。

最难的是，你很难预测做出来的新病毒的有那些特点，比如感染能力，细胞内复制能力，感染者免疫系统的反应等等。

我不是病毒学家，不过很多病毒学的方法其实是整个生物医学基础研究的共同方法。